研发费用加计扣除的前提是研发活动真实、费用归集准确。可归集的费用包括人员人工费用、直接投入费用、折旧费用、无形资产摊销、新产品设计费与新工艺规程制定费等，与研发活动无关的支出不能计入。
人员人工费用需按实际参与研发的工时或工作量分摊。同时从事非研发工作的技术人员，其人工费用应按合理方法在研发与非研发之间分配，分配依据要留存，不能简单按比例估算。
辅助账是核查时的关键资料。应按研发项目设置辅助账，逐项归集人员、材料、折旧、摊销等费用，并与总账、明细账勾稽。项目立项决议、研发计划、人员名单、工时记录、费用分配说明构成完整的证据链。
形成产品或对外销售的，还要区分研发与生产经营的边界。研发过程中产生的下脚料、残次品、中间试制品对外销售的，相应冲减研发费用；特殊收入的处理口径按现行规定执行，不能全部计入研发支出。
以上口径按现行规定整理，具体执行以主管机关要求为准。涉及自身账务与申报的，建议先核对现有资料再决定处理顺序，避免遗漏所属期与关联事项。
